成立於1987年六月，是1949年後台灣第一個崑曲劇團，創始團員皆為「笛王」徐炎之先生及其夫人張善薌女士之受業弟子，以傳承、推廣崑曲，提昇表演藝術水準為宗旨，並以曲會友。因明代魏良輔改良崑腔，形成細膩、婉轉的「水磨調」，故以「水磨」為團名。


徐炎之先生，浙江金華人；張善薌女士，浙江海寧人，二人自幼皆在家人的薰陶下學習崑曲。後相識於北平，共結連理。曾供職於南京，再向徐金虎、尤彩雲、姚傳薌等先生習藝。 1949年抵台，1950年組織「同期」曲會。徐炎之先生在台灣省鐵路局工作，張善薌女士在台灣電力公司工作，餘暇則在各大、中學校教授崑曲。張善薌女士逝世於1980年，享年七十二歲；徐炎之先生曾獲頒教育部第一屆傳統藝術薪傳獎，於1989年辭世，享壽九十二。


「水磨曲集」除了在舞台上呈現經典劇目外，還協助曲友主持隔週一次的「同期」曲會，另外一項重要工作就是輔導台灣大學、政治大學、東吳大學、中央大學、銘傳大學〈原銘傳商專〉、輔仁大學等校崑曲社團的活動，並負責文化大學、國立台灣藝術大學〈原國立藝專〉、國立台北藝術大學（原國立藝術學院）等校崑曲課程之教授。


1987年八月三十、三十一日，以〈上壽〉、〈借茶〉、〈遊園驚夢〉、〈拾畫〉、〈夜奔〉、〈斷橋〉、〈掃松〉、〈思凡〉、〈下山〉、〈刺虎〉做創團首演。1988年至1991年連續舉辦四屆「全國崑曲清唱觀摩大會」。1992年支援國家戲劇院演出《牡丹亭》，1993年參加「介壽館音樂會」，1994年支援「蘭庭藝苑」赴法、美演出《牡丹亭》，1995年支援國際新象文教基金會舉辦「崑曲美之旅」，1997年支援國立國光劇團演出《釵頭鳳》，並於十週年公演中推出《豔雲亭•癡訴》及《繡襦記•蓮花》等新劇目。


1998年為紀念徐炎之先生百年誕辰，除舉辦三天公演外，還舉辦了崑曲藝術座談會，並在公演中，再推出新劇目《繡襦記•剔目》及《琵琶記•南浦》。1998年及2001年兩度獲文建會評鑑為「傑出演藝團隊」，其間又推出〈詠花〉、《幽閨記•拜月》、《焚香記•陽告》及《琵琶記•琴訴、盤夫》等新劇目。2000年底參加國際新象文教基金會舉辦之「跨世紀千禧崑劇菁英大匯演」，並出版浙江京崑藝術劇院張世錚著「我是崑劇之『末』」乙書，和徐謙製作之「崑曲選粹」光碟片乙套。2001年八月以《琵琶記•琴訴、盤夫》、《牡丹亭•學堂》及《繡襦記•蓮花、剔目》到杭州、上海、蘇州、南京做巡迴公演，引起極大的迴響，並創下台灣崑曲劇團首度到大陸巡演的紀錄。

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